Ngày Ất Sửu tháng 5 (14 tháng 7), Mộ Dung Bảo buộc Đoàn Nguyên Phi phải tự sát thì mới tha cho tông thất họ Đoàn. Đoàn Nguyên Phi tức giận, nói rằng ngày vong quốc sẽ không lâu nữa rồi tự sát. Mộ Dung Bảo cho rằng Đoàn hậu âm mưu phế mình, không có đạo mẫu hậu, định không thành táng theo lễ của hoàng hậu, song do Trung thư lệnh Thúy Dương khuyên nhủ nên ông quyết định thành táng.[2]

Thanh Hà công Mộ Dung Hội là con của Mộ Dung Bảo, có mẹ xuất thân thấp kém song lớn tuổi, dũng mãnh tài giỏi, có tài nghệ, được Mộ Dung Thùy yêu mến. Khi Mộ Dung Bảo dẫn quân đánh Ngụy, Mộ Dung Thùy đối đãi với Mộ Dung Hội như với thái tử. Khi Mộ Dung Thùy thân chinh Bắc Ngụy, Mộ Dung Hội được giao phụ trách cai quản Long Thành[c 4]. Khi Mộ Dung Thùy bệnh nặng từng di ngôn mệnh Mộ Dung Bảo lập Mộ Dung Hội làm người tự vị, song Mộ Dung Bảo lại yêu mến người con nhỏ tuổi hơn là Mộ Dung Sách (慕容策) và không ủng hộ Mộ Dung Hội. Hơn nữa, Trường Lạc công Mộ Dung Thịnh sinh cùng năm với Mộ Dung Hội, cũng không muốn Mộ Dung Hội trở thành thái tử và cùng với Triệu vương Mộ Dung Lân khuyên Mộ Dung Bảo lập Mộ Dung Sách làm thái tử. Ngày Ất Hợi (4) tháng 8 (22 tháng 9), Mộ Dung Sách được lập làm thái tử còn Mộ Dung Hội và Mộ Dung Thịnh được phong vương. Mộ Dung Hội thấy Mộ Dung Sách còn nhỏ, ngu si yếu đuối, nên trong lòng oán giận.[2]

Tháng 8 ÂL năm đó, Thác Bạt Khuê đã dẫn quân Bắc Ngụy tập kích Tĩnh châu[c 5], đánh bại Mộ Dung Nông và buộc người này phải chạy trốn về Trung Sơn. Thác Bạt Khuê sau đó đã tiến về phía đông, sẵn sàng tấn công kinh thành nước Hậu Yên. Chấp thuận lời đề nghị của Mộ Dung Lân, Mộ Dung Bảo chuẩn bị phòng thủ Trung Sơn, để cho quân Bắc Ngụy tự do di chuyển trên lãnh thổ của mình, Mộ Dung Bảo cho rằng quân Bắc Ngụy sẽ phải rút lui khi quân lính của họ kiệt sức. Tuy nhiên, điều này khiến cho quân đồn trú tại tất cả các thành ở Hà Bắc bỏ thành, quận huyện ngả theo Bắc Ngụy, ngoại trừ ba thành là Trung Sơn, Nghiệp Thành và Tín Đô[c 6].[2]

Tháng 1 năm Đinh Dậu (397), Tín Đô thất thủ. Trong khi đó, Thác Bạt Khuê nhận được tin về một cuộc nổi loạn gần kinh thành Thịnh Lạc của mình và cầu hòa với Mộ Dung Bảo song đã bị bác bỏ, Mộ Dung Bảo tấn công quân Bắc Ngụy khi Thác Bạt Khuê chuẩn bị lui quân, song quân Hậu Yên lại chịu thất bại thảm hại. Mộ Dung Long muốn dẫn số quân còn lại ở Trung Sơn đi đánh một trận với Bắc Ngụy và được mộ Dung Bảo chấp thuận, song Mộ Dung Bảo sau đó lại lưỡng lự và cuối cùng đã hủy bỏ kế hoạch do Mộ Dung Lân phản đối. Ông cũng dao động trước việc trao trả Thác Bạt Cô hay nhượng Tĩnh châu cho Bắc Ngụy để cầu hòa. Đến khi Mộ Dung Lân nổi loạn, Mộ Dung Bảo lo lắng rằng Mộ Dung Lân sẽ đoạt lấy quân của Mộ Dung Hội (đang tiến về kinh thành để giải vây song do Mộ Dung Hội còn oán giận nên tiến chậm), và quyết định bỏ Trung Sơn để đến Long Thành. Mộ Dung Long chấp thuận kế hoạch song đề nghị với hoàng đế rằng một khi đã ở Long Thành thì trong một thời gian dài không nên trở về phía nam. Mộ Dung Bảo đồng ý và họ cùng bỏ Trung Sơn để đến chỗ quân của Mộ Dung Hội.[8]

Mộ Dung Hội trong khi đó đang trên đường trở lại Long Thành, người này quyết định đoạt quyền. Mộ Dung Hội cử sát thủ đến giết chết Mộ Dung Long và Mộ Dung Nông, song chỉ giết chết được Mộ Dung Long. Quân của Mộ Dung Bảo và Mộ Dung Nông nhanh chóng chạy đến Long Thành, còn Mộ Dung Hội cho quân vây thành. Tuy nhiên, trong một cuộc tấn công bất ngờ của Cao Vân, quân của Mộ Dung Hội sụp đổ, và bản thân Mộ Dung Hội phải chạy về Trung Sơn, Trung Sơn lúc này do quân đồn trú của Mộ Dung Tường (do Mộ Dung Bảo để lại) trấn giữ nên Mộ Dung Hội bị giết. Trong khi đó, Mộ Dung Bảo nhận Cao Vân làm dưỡng tử và phong tước Tịch Dương công.[8]

Do Mộ Dung Bảo ở Long Thành, Trung Sơn và Nghiệp Thành mất liên lạc với ông. Mộ Dung Tường tự xưng đế, song ngay sau đó bị Mộ Dung Lân đánh bại rồi giết chết, Mộ Dung Lân xưng đế. Mộ Dung Lân lại bị quân Bắc Ngụy đánh bại và phải chạy đến Nghiệp Thành, từ bỏ tước hiệu hoàng đế và thuyết phục người trấn thủ Nghiệp Thành là Mộ Dung Đức bỏ thành và chạy về phía nam đến Hoạt Đài[c 7].[8] Mộ Dung Đức làm theo và tại Hoạt Đài, và vào tháng 1 năm Mậu Tuất (398), Mộ Dung Đức xưng làm Yên vương và cải niên hiệu, lập nên nước Nam Yên. Trong khi đó, do không biết về điều này mà chỉ nhận được tin tức Mộ Dung Đức báo là đi xuống phía nam, nên Mộ Dung Bảo chuẩn bị cho một chiến dịch để lấy lại lại lãnh thổ bị mất, bất chấp can gián từ Mộ Dung Nông và Mộ Dung Thịnh rằng binh lính đã kiệt sức.[3]

Ngày Kỉ Mão tháng 2 (20 tháng 3), quân Hậu Yên rời Long Thành. Tuy nhiên ngay sau đó, ngày Nhâm Ngọ cùng tháng (23 tháng 3), tướng Đoàn Tốc Cốt (段速骨) tiến hành nổi loạn, và Mộ Dung Bảo phải trở lại Long Thành. Trong khi đó, Đoàn Tốc Cốt buộc con của Mộ Dung Long là Mộ Dung Sùng (慕容崇) làm lãnh đạo và bao vây Long Thành. Ngay cả với sự giúp đỡ bí mật của Lan Hãn, Đoàn Tốc Cốt ban đầu không thành công. Tuy nhiên, Mộ Dung Nông lại đầu hàng quân của Đoàn Tốc Cốt, điều này làm tổn hại đến tinh thần của binh lính tại Long Thành và thành thất thủ. Mộ Dung Bảo và Mộ Dung Thịnh chạy về phía nam. Ngày Canh Tý tháng 3 (10 tháng 4), Lan Hãn tập kích Đoàn Tốc Cốt, chiếm Long Thành và đề nghị Mộ Dung Bảo quay trở lại. Mộ Dung Bảo lúc này đến Kế Thành[c 8] và muốn quay lại song Mộ Dung Thịnh thuyết phục ông hãy cố đi về phía nam để tìm kiếm trợ giúp từ Mộ Dung Đức mà không biết rằng Mộ Dung Đức đã tuyên bố độc lập. Tuy nhiên, khi họ đến vùng lân cận Hoạt Đài thì biết tin tức và lại chạy về phía bắc. Nhiều thành trên đường đi đã sẵn sàng kết hợp lại dưới quyền của Mộ Dung Bảo để bắt đầu kháng Bắc Ngụy song Mộ Dung Bảo lại quyết định trở lại Long Thành. Mộ Dung Thịnh do nghi ngờ Lan Hãn nên cố thuyết phục Mộ Dung Bảo song vẫn không khiến ông thay đổi tâm trí, Mộ Dung Thịnh do vậy rời bỏ phụ thân.[3]

Ngày Đinh Hợi (26) tháng 4 (27 tháng 5) Mộ Dung Bảo đến Sách Mạc Hãn hình, cách Long Thành 40 lý, trong thành đều vui mừng. Lan Hãn đã khiển đệ là Lan Gia Nan (蘭加難) suất 500 kị binh đến nghênh đón Mộ Dung Bảo, song cho đóng cổng thành, cấm người ra vào. Chống lại lời khuyên của Dĩnh Âm Liệt công Dư Sùng (餘崇), Mộ Dung Bảo chấp thuận để cho Lan Gia Nan hộ tống. Đi được vài lý, Lan Gia Nan bắt và giết Dư Sùng, đưa Mộ Dung Bảo đến lữ quán ngoài Long Thành rồi giết chết. Lan Hãn truy thụy cho Mộ Dung Bảo là Linh Đế, tàn sát hầu hết các thành viên trong hoàng tộc Mộ Dung.[3] Sau đó, Mộ Dung Thịnh lật đổ Lan Hãn, tái lập Hậu Yên và xưng đế, truy thụy hiệu cho Mộ Dung Bảo là Huệ Mẫn hoàng đế, miếu hiệu Liệt Tổ.[4]